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苗圃苗木幼苗根系浅、吸水能力弱，灌溉管理要精细，既要保证幼苗生长所需水分，又要避免浇水过多导致烂根、病害滋生。苗圃灌溉要根据苗木品种、生长阶段和基质墒情，精准控制水量和浇水频率，培育健壮幼苗。
浇水要遵循见干见湿的原则。基质表面干燥后再浇水，浇则浇透，让水分充分渗透到基质底部，满足幼苗根系吸水需求，避免浇水只浇表面，导致幼苗根系浅、长势弱。浇水频率要根据苗木品种和环境温湿度调整，草本苗木需水量大，浇水频率可高一些；木本苗木需水量相对较少，浇水频率可低一些；高温干燥天气要增加浇水次数，阴雨天要减少或停止浇水。
浇水方式要温和，避免伤害幼苗。盆栽苗圃可采用喷壶浇水，地栽苗圃可采用喷灌方式，水流要柔和，避免水流过急冲倒幼苗、冲刷基质。浇水时间要选择清晨或傍晚，避免中午高温时浇水，此时水分蒸发快，还可能灼伤幼苗叶片。另外，要注意水质，避免用污水、含盐量高的水浇水，防止影响幼苗生长。对于刚播种或刚移栽的幼苗，要适当增加浇水频率，保持基质湿润，帮助幼苗扎根成活；幼苗长势稳定后，可适当减少浇水，促进根系生长，增强幼苗抗性。